从1966年开始的“文革”,粗暴地打断了史学研究工作的正常进行。这一阶段的中国魏晋南北朝史研究在浩劫中同样遭受重创,基本陷于停顿状态。1978年以后,实事求是的学风重新确立,中国大陆的魏晋南北朝史研究进入了一个新的全面繁荣阶段。这一阶段,魏晋南北朝史研究的特点是:各种规模的学会和研究机构陆续成立;一些重大课题在原有的学术积累基础上不断地向纵深发展;新的研究领域得到开拓;高质量的研究成果相继出版;尤为可喜的是,一大批中青年学者构成了研究队伍的主力军,个别佼佼者已经成为学科带头人。1984年,中国魏晋南北朝史学会在四川成立,到20世纪末已召开过6届年会。相继成立的还有六朝史学会、北朝史学会以及诸葛亮研究会等。此外,中国社会科学院历史研究所、武汉大学、北京师范大学、四川大学、郑州大学等单位还设立了专门的魏晋南北朝史研究室(所)。
白寿彝总主编的多卷本《中国通史》开创了新综合体的通史撰述方式。该书第5卷(上海人民出版社,1995年)通过序说、综述、典志和传记四个部分,比较全面地反映了80年代中国魏晋南北朝史研究的水平。这一阶段出版的断代史和综合研究专著,代表作有王仲荦《魏晋南北朝史》(上海人民出版社,1979年)、韩国磐《魏晋南北朝史纲》(人民出版社,1983年)、万绳楠《魏晋南北朝史论稿》(安徽教育出版社,1983年)、何兹全《中国古代社会》(河南人民出版社,1991年)、唐长孺《魏晋南北朝隋唐史三论》(武汉大学出版社,1993年)以及简修炜《六朝史稿》(华东师范大学出版社,1994年)等。重要的论文集有陈寅恪《金明馆丛稿初编》(上海古籍出版社,1980年)、何兹全《读史集》(上海人民出版社,1982年)、唐长孺《魏晋南北朝史论拾遗》(中华书局,1983年)、郑欣《魏晋南北朝史探索》(山东大学出版社,1989年)、周一良《魏晋南北朝史论集续编》(北京大学出版社,1991年)、田余庆《秦汉魏晋史探微》(中华书局,1993年)、谷霁光《谷霁光史学文集》(江西人民出版社,1996年)、朱大渭《六朝史论》(中华书局,1998年)、黎虎《魏晋南北朝史论》(学苑出版社,1999年)等。经济史方面的著作有韩国磐《北朝隋唐的均田制度》(上海人民出版社,1984年)、朱绍侯《魏晋南北朝土地制度与阶级关系》(中州古籍出版社,1988年)、何兹全主编《五十年来汉唐佛教寺院经济研究》(北京师范大学出版社,1986年)、余鹏飞《三国经济史》(河南大学出版社,1992年)、高敏《魏晋南北朝经济史》(上海人民出版社,1996年)等;研究政治史、制度史的专著主要有田余庆《东晋门阀政治》(北京大学出版社,1989年)、严耀中《北魏前期政治制度》(吉林教育出版社,1990年)、祝总斌《两汉魏晋南北朝宰相制度研究》(中国社会科学出版社,1990年)、阎步克《察举制度变迁史稿》(辽宁大学出版社,1991年)、陈仲安等《汉唐职官制度研究》(中华书局,1993年)、汪征鲁《魏晋南北朝选官体制研究》(福建人民出版社,1995年)、黄惠贤《中国政治制度通史·魏晋南北朝卷》(人民出版社,1996年)、黎虎《汉唐外交制度史》(兰州大学出版社,1998年)、高敏《魏晋南北朝兵制研究》(大象出版社,1998年)等。民族史方面的著作,主要有马长寿《氐与羌》(上海人民出版社,1984年)和《碑铭所见前秦至隋初的关中部族》(中华书局,1985年)、周伟洲《汉赵国史》(山西人民出版社,1986年)、黄烈《中国古代民族史研究》(人民出版社,1987年)、蒋福亚《前秦史》(北京师范学院出版社,1993年)、余太山《两汉魏晋南北朝与西域关系史研究》(中国社会科学出版社,1995年)、陈连庆《秦汉魏晋南北朝少数民族姓氏研究》(吉林文史出版社,1993年)、白翠琴《魏晋南北朝民族史》(四川民族出版社,1996年)等。思想文化方面主要有王葆《正始玄学》(齐鲁书社,1987年)、孔繁《魏晋玄谈》(辽宁教育出版社,1991年)、王晓毅《中国文化的清流》(中国社会科学出版社,1991年)、万绳楠《魏晋南北朝文化史》(黄山书社,1992年)、陈戍国《魏晋南北朝礼制研究》(湖南教育出版社,1995年)、章权才《魏晋南北朝隋唐经学史》(广东人民出版社,1996年)、刘振东《中国儒学史·魏晋南北朝卷》(广东教育出版社,1998年)、葛兆光《七世纪前中国的知识、思想与信仰世界》(复旦大学出版社,1998年)、汤一介《郭象与魏晋玄学》(北京大学出版社,2000年)、曹文柱主编《中国文化通史·魏晋南北朝卷》(中共中央党校出版社,2000年)等。研究宗教史的著作有方立天《魏晋南北朝佛教论丛》(中华书局,1982年)、郭朋《汉魏两晋南北朝佛教》(齐鲁书社,1986年)、汤一介《魏晋南北朝时期的道教》(陕西师范大学出版社,1988年)、胡孚琛《魏晋神仙道教》(人民出版社,1989年)、许抗生《三国两晋玄佛道简论》(齐鲁书社,1991年)。社会史方面的著作,主要有齐涛《魏晋隋唐乡村社会研究》(山东人民出版社,1995年)、曹文柱主编《中国社会通史·秦汉魏晋南北朝卷》(山西教育出版社,1996年)、葛剑雄《中国移民史》第2卷(福建人民出版社,1997年)、朱大渭等《魏晋南北朝社会生活史》(中国社会科学出版社,1998年)、侯旭东《五六世纪北方民众佛教信仰》(中国社会科学出版社,1998年)、刘长东《晋唐弥陀净土信仰研究》(巴蜀书社,2000年)等。此外,散布于全国许多学报、学刊上的论文也是1978年以来魏晋南北朝史研究成就的重要组成部分。