对魏晋南北朝时期南方历史有较大影响的少数民族是分布在东南地区的山越、长江中上游地区的蛮族、岭南及西南地区的僚族、赣南粤北地区的溪族、两广湖南地区的族以及一度在巴蜀地区建立过政权的巴氐。相比较而言,学者对于南方少数民族的研究成果不多。除王仲荦《魏晋南北朝史》、白翠琴《魏晋南北朝民族史》、万绳楠《魏晋南北朝史论稿》外,涉及这方面的论文,较早的有叶国庆《三国时山越分布之区域》(《禹贡》1934年第12期)、金宝祥《汉末至南北朝南方蛮夷的迁徙》(《禹贡》1936年第8期)、周一良《南朝境内之各种人及政府对待之政策》等。时间靠后的论文,主要有唐长孺《孙吴建国及汉末江南的宗部与山越》(《魏晋南北朝史论丛》)、施光明《山越非山民、宗部解》(《民族研究》1984年第1期)、刘琳《僚人入蜀考》(《中国史研究》1980年第2期)、张雄《南朝荆郢蛮的分布和族属试探》(《江汉论坛》1983年第5期)、张泽洪《魏晋南北朝蛮、僚、族的迁徙》(《四川大学学报》1988年第4期)、陈再勤《南北朝时期峡中蛮的分布与活动》(《中南民族学院学报》1999年第1期)、刘复生《入蜀僚人的民俗特征与语言遗存》(《中国史研究》2000年第2期)等。
此外,还有著述探讨了柔然、高车、稽胡等族分布及族源的情况,主要是冯家升《蠕蠕国名考》(《禹贡》1937年第8、9期)、周一良《北朝的民族问题与民族政策》(《燕京学报》1950年第39期)、周伟洲《关于柔然社会经济和政治制度的初步研究》(《中国史研究》1982年第2期)、曹永年《关于柔然人的民族成分》(《内蒙古师大学报》1985年第2期)、陈发源《柔然族源探讨》(《学术月刊》1985年第1期)、林干《稽胡略考》(《社会科学战线》1984年第1期)以及段连勤《丁零、高车与铁勒》(上海人民出版社,1988年)等。
全面探讨十六国时期少数民族政权的建立、性质和历史作用的论文是唐长孺《晋代北境各族变乱的性质及五期政权在中国的统治》(《魏晋南北朝史论丛》)。唐文指出,晋末各族变乱源于种族和阶级的双重矛盾。各族统治者所建立的政权,一方面有种族报复的特点,另一方面又要同汉族上层分子合作。黄烈认为,不应该仅仅根据各民族政权上层统治者的族属来确定该政权的民族性质,对这一时期的民族战争和民族融合也要做这样的辨证分析。促进各少数民族走向迅速与汉族的融合是政权的建立,其民族共同体和政权是朝相反方向发展的,其政权越巩固,民族共同体越分散与衰落,从而迅速地向汉族全面转化(《魏晋南北朝民族关系的几个理论问题》,《历史研究》1985年第3期)。分论十六国史的著作有周伟洲《汉赵国史》(山西人民出版社,1986年)、《南凉与西秦》(陕西人民出版社,1987年)、蒋福亚《前秦史》、齐陈俊《五凉史略》(甘肃人民出版社,1988年)等。论文有邱久荣《十六国时期的胡汉分治》(《中央民族学院学报》1987年第3期)、王延武《后赵政权胡汉分治政策再认识》(《中国史研究》1988年第2期)、蒋福亚《论慕容鲜卑的封建化》(《历史论丛》1988年第3期)、《前秦政权的民族性》(《北朝研究》1990年第1期)、陆庆夫《略论五凉的民族分布及其融合途径》(《西北民族学院学报》1992年第1期)等。研究十六国时期制度史的文章是牟发松《十六国时期地方行政机构的军镇化》(《晋阳学刊》1985年第6期)、何兹全《十六国时期的兵制》(《燕园论文集》,北京大学出版社,1985年)、高敏《十六国前秦、后秦时期的护军制》(《中国史研究》1992年第2期)、张金龙《十六国“地方”护军制度补正》(《西北史地》1995年第4期)等。
淝水之战是十六国时期一次重要的南北战争。蒋福亚《淝水之战前夕北方的形势及淝水之战的性质》一文认为,战争发起方前秦是一个以氐族为主体的、民族性十分强烈的政权,属于一个不巩固的军事行政联合体(《北京师范学院学报》1981年第4期)。持相似看法的还有简修炜《关于淝水之战性质的商榷》,认为前秦发动的战争是非正义的(《学术月刊》1981年第5期)。黄烈则认为,前秦是一个继承了汉族封建政治传统的氐汉结合的政权,其民族性质不应该被看作是单一的。持此说的还有徐扬杰、赵文润等①。不过,在战争性质上,徐、赵认为前秦是正义的而东晋是非正义的。黄烈则反对简单地以正义非正义划分淝水之战的性质,认为这次战争实质上是南北封建集团之间的一场兼并统一战争。孙祚民认为,是战争的非正义的性质决定了前秦的失败。徐扬杰、黄烈则认为,前秦失败的主要原因是发动战争的时机不成熟。赵文润指出,前秦是败于骄傲和战略的错误,持同样看法的还有曹永年、周增义等②。田余庆则认为,在南北民族差异十分巨大、还不具备统一可能的情况下,苻坚过早地发动的以统一南北为目的的淝水之战,只能是一场民族灾难,在本质上仍然是一次民族入侵战争(《前秦民族关系和淝水之战的性质》,《中国史研究》1989年第1期)。